Como ya hemos visto, la biología marina estudia los organismos del mar y sus relaciones, con especial atención a la morfología, la fisiología, la evolución y la distribución en relación al ambiente físico y químico. El segundo aspecto, las relaciones de los seres marinos entre sí y con el medio en el que viven, es el campo de estudio de la ecología marina, una de las ciencias auxiliares más interesantes de la biología marina y de las más en boga en la actualidad.

La Ecología es la ciencia que estudia los Ecosistemas, por lo que la Ecología marina es la ciencia que estudia los Ecosistemas marinos.

Llamamos Ecosistema al conjunto formado por un medio físico concreto (Biotopo), y las especies que habitan en él (Biocenosis).

El Ecosistema marino está formado por:

• el biotopo marino: que es el medio físico sobre el que sustenta un ecosistema, en nuestro caso está constituido por dos elementos perfectamente diferenciados: la superficie total de los fondos marinos y el agua que los cubre (ver Oceanografía básica).
  
• la biocenosis marina: que es el variado conjunto de especies, animales y vegetales, que viven en el mar. De este apartado nos ocuparemos, básicamente, en estos apuntes.

La cuestión de la sistemática y taxonomía de los seres vivos es algo en lo que no todos los autores están de acuerdo (ver clasificación). El mundo marino no escapa a este tipo de polémicas.

Actualmente se tiende a valorar más las clasificaciones filogenéticas (atendiendo al parentesco genético) que las morfológicas (atendiendo a la similitud de formas). Sin embargo, en el nivel básico que aquí pretendemos, el sencillo sistema tradicional de clasificación de los seres vivos que separa los cinco reinos clásicos resulta perfectamente válido y comprensible (ver también sistema de los tres dominios).

Así pues, hablaremos desde la perspectiva de los cinco reinos, subdivididos en sus correspondientes filum:

Monera
Protista
Fungui
Plantae
Animalia

Los cinco reinos, con mayor o menor cantidad de especies, están perfectamente representados en el medio marino. Sin embargo, los tres primeros los dejaremos por ahora aparte con idea de en su momento dedicar algunas páginas al interesante tema de la Microbiología marina, y allí trataremos de ellos. Y dado que animales y plantas son los más visibles y los más conocidos de los seres marinos, empezaremos por ahora con unos pequeños esbozos sobre la biología de los más habituales.

Sin interferir con esta clasificación "sistemática" de los seres marinos, se tiende hoy en día a estudiarlos desde otros enfoques más "ecológicos", o sea, más relacionados con sus propios sistemas de vida que con su pura morfología. Ya hemos hablado brevemente (ver el medio marino) de las distintas regiones o dominios marinos y hemos citado allí las nociones de bentónico y pelágico. Al principio de estas líneas entramos también en la consideración de "biotopo marino". Profundizaremos también un poco más en estos conceptos estudiando la clasificación de los seres marinos en función de su relación vital con el biotopo que los sustenta.